Озеро может быть густым с депонированным осадком, и постепенно, озеро становится заболоченным местом, типа топи или болота. Важное различие существует между равнинными и горными озерами: равнинные озера более спокойны, менее каменистые/более осадочные, имеют менее наклонное дно, и вообще содержат больше растений. Большие водные растения (обычно тростники) ускоряют этот заключительный процесс значительно, потому что они частично разлагаются, чтобы сформировать торфяную почву, которая заполняет мелководье озер. Наоборот торфяные почвы в болоте могут естественно сгореть и полностью изменить этот процесс, обновляя мелкое озеро.

Мутные озера, и озера с большим количеством пищевых растений для рыбы обычно исчезают медленнее. "Исчезающее" озеро обычно имеет на поверхности обширные растительные покрытия. Они становятся новой средой обитания для других растений (таких как торфяной мох), и животных, многие из которых очень редкие. Постепенно озера исчезают, и молодой торф может сформироваться в этих местах, формируя болото. В долинах равнинных рек (формирующих излучину), присутствие торфа объясняется формированием исторических старичных озер. В самых последних стадиях много деревьев вырастает на этом месте, в конечном счете превращая заболоченное место в лес.

Некоторые озера могут также исчезнуть на сезон. Их называют неустойчивыми озерами и они типичны для карстового ландшафта. Главный пример таких озер - озеро Церкница в Словении. 3 июня 2005 года в Нижегородской области, России, озеро под

названием Белое исчезло за короткий промежуток времени (за минуты). Источники новостей сообщили, что правительственные чиновники выдвинули теорию о том, что это странное явление, возможно, было вызвано изменением почвы под озером, которое иссушило воду посредством каналов, приводящим к реке Ока.

Явление вечной мерзлоты земли также важно для живучести озера. Согласно исследованиям, изданным в журнале «Наука» ("Исчезающие арктические озера," июнь 2005), тающая вечная мерзлота может объяснить сокращение или исчезновение сотен больших арктических озер на территории Западной Сибири. Идея здесь заключается в том, что повышение температуры воздуха и почвы заставляют таять вечную мерзлоту и позволяют озерам просачиваться в почву.

Озеро Neusiedler See , расположенное в Австрии и Венгрии, высыхало несколько раз в течение нескольких лет за прошлые столетия. В 2005 году оно снова быстро теряет воду, давая начало опасениям, что оно будет полностью высушено к 2010 году.

Некоторые озера исчезают из-за человеческих факторов развития. Высыхание Аральского моря объясняют как "убийство" намеренным отводом рек, впадающих в озеро, для ирригации полей.